生在海里，守护大海，走向大海——那就是蓝美人鱼！进入横须贺女子海洋学校期待专业“蓝色美人鱼”守护海洋安全的米明奈，被任命为远洋船舶“青峰”船长，与班上成员一起参加海洋实习。驾驶船只前往目的地应该是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船突然开火，与其他失控学生船的打斗，救援船的救援活动等。，他们经历了各种困难，最终安全返回陆地，从而在成员之间形成了牢固的联系。骚动一个月后，正在享受考试假期的青峰成员遇到了新的危机——青峰班将面临解体。青峰的成员，在受到极大震动的同时，再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。随后，在青峰解体危机三个月后，包括吴、五河、萨斯博在内的女大海洋学校的所有学生齐聚横须贺，为文化体育节举办“竞赛游戏”，而青峰班的成员如明乃等则忙着为迎新节做准备。大和号、神农号、机一号等超大型船舶的班也来了。正当各种表演和比赛如火如荼的时候，一场新的“危机”正在向他们逼近！