圣诞之夜，无数人在厦门外抗议，卡森公司和哈里曼达拉公司在厦门签署了协议。与此同时，充当警卫的警察机动部队突然拔出枪，不分青红皂白地屠杀示威者。在血腥和恐怖事件的背后，神秘的病毒“火种”隐现。在与未知敌人的对抗中，草籽(由坂本真绫配音)和他的同伴从独立机动部队中救出了艾玛·津田(由茅野爱衣配音)，一个充满正义的女孩。似乎利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实隐藏在她的身体里。公安部九班负责人荒卷大辅(音)拒绝将他交给隋寂上校(音)由宇翔·常青配音，但命令草薙护送艾玛到501进行调查。草薙不仅在这个女孩身上发现了两个灵魂的存在，还触及到了政府和军方可以隐藏的悲剧真相...这部电影是根据士郎正宗的原著改编的，是《幽灵》的第四部分。